麥哲倫不幸在4月27日，於馬克丹島上遭土著酋長拉布拉步所殺，其遺體尚未獲尋前，其部署匆匆散離宿霧島，返回西班牙。至1565年，西班牙人再度來到宿霧，正式把宿霧作為殖民菲律賓的首府。

　　 1898年6月12日，西班牙因在美西戰爭中戰敗，結束了在菲律賓的殖民時期。1901年美國接管了菲律賓，而宿霧，在1942年4月第二次世界大戰期間，被日軍攻佔，直到1945年3月，美軍登岸迫使日本投降。菲律賓在1946年二次大戰結束後獲得完全獨立。